Beweise dafür, dass in der Zeit zwischen 3000 und 1100 v. Chr. die ersten Stadtzentren entstanden waren, fand man auf den Ägäischen Inseln, darunter den Kykladen und auf Kreta. Von Kreta wurden damals bereits Juwelen, Öl und Wein exportiert und die Insel blühte durch den Handel auf – bis zu einem Vulkanausbruch im Jahre 1500 v. Chr., bei dem die minoische Kultur Kretas zerstört wurde.
In der Ägäis waren in der Antike zwei Kulturen vorherrschend: die minoische und die des antiken Griechenlands. Nach dieser Epoche wechselten die Machtverhältnisse immer wieder. Nach den Persern, Römern, Byzantinern und Venezianern herrschten auch die Osmanen über das Gebiet.
Die Ionischen Inseln gehörten hingegen bis 1797 zur Republik Venedig, gelangten dann in den französischen Herrschaftsbereich und wurden 1800 für kurze Zeit zur Republik der Ionischen Inseln. Anschließend übernahm wieder Frankreich die Kontrolle, gefolgt von den Briten. Seit dem Jahr 1864 sind die Inseln Teil des griechischen Staats.